Towarzystwo im. Edyty Stein jest jedną z najstarszych organizacji pozarządowych utworzonych w Polsce po przełomie w 1989 roku. Powstało z inicjatywy grupy osób zafascynowanych życiem i myślą filozoficzną Edyty Stein. W gronie tym byli: ks. Jerzy Witek, Ernest Niemczyk oraz Danuta Skraba – związani z parafią św. Michała Archanioła we Wrocławiu, Sławomir Kowalewski – historyk, a także grupa młodych ludzi z Uniwersytetu Wrocławskiego pod przewodnictwem Rafała Dutkiewicza (byłego prezydenta Wrocławia) i Wojciecha Hanna, który wkrótce został pierwszym prezesem Towarzystwa im. Edyty Stein.
W 1995 roku Towarzystwo zostało właścicielem rodzinnego domu Edyty Stein przy ulicy Nowowiejskiej 38, gdzie od 1999 roku ma swoją oficjalną siedzibę. Od tego momentu rozpoczęło się dążenie do profesjonalizacji działalności. Najważniejszym krokiem było powołanie w 2003 roku Działu Programowego, dzięki czemu Towarzystwo może się pochwalić bogatą ofertą kulturalną, a Dom Edyty Stein tętni życiem.